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Bioinformática: Análisis y gestión de datos biológicos

La Bioinformática es un campo multidisciplinario que involucra biología molecular y genética, ciencia de la computación, matemática y estadística. Los problemas más comunes que resuelve son el modelado de procesos biológicos a nivel molecular y la realización de inferencias a partir de los datos recopilados. Generalmente, una solución bioinformática implica los siguientes pasos: recopilar datos biológicos para análisis estadísticos, construir un modelo computacional, resolver un problema de modelado computacional, probar y evaluar un algoritmo computacional.

Por tanto, los objetivos de la bioinformática son tres:

  1. Organizar los datos de una manera que permite a los investigadores acceder a la información existente
  2. Desarrollar herramientas y recursos que ayuden en el análisis de datos
  3. Utilizar estas herramientas para analizar los datos e interpretar los resultados de una manera biológicamente significativa

Este curso complementa la formación integral de cualquier profesional en el área de Bioquímica, Biología y Ciencias en general.

OBJETIVO

 

Este curso tiene como eje de aprendizaje reunir los conocimientos de la química, bioquímica y en general de las ciencias biomoleculares para entender y solucionar problemas cualitativos y cuantitativos de sistemas biológicos mediante el uso de herramientas computacionales, así como también estadística a la gestión y análisis de datos.

OBJETIVOS ESPECÍFICOS

 

Al finalizar el curso, el estudiante será capaz de:

  • Comparar los algoritmos básicos de alineamientos de secuencias empleadas como herramientas bioinformáticas para búsqueda de secuencias homólogas y dominios.
  • Comparar los algoritmos de modelamiento molecular de sistemas biológicos empleadas como herramientas bioinformáticas para analizar sus interacciones moleculares.
  • Utilizar herramientas computacionales en talleres teóricos-prácticos para el análisis de problemas cualitativos y cuantitativos de sistemas biológicos.
  • Predecir estructuras moleculares de sistemas biológicos a partir de los algoritmos enseñados en clases para favorecer la comprensión de la relación entre sus estructuras y funciones biológicas.
  • Desarrollar trabajo científico desde la perspectiva del método científico que involucre la utilización de técnicas de bioquímica, química, genética, biología molecular, etc. así como también herramientas bioinformáticas en la resolución de problemas.

Duración total: 4 semanas, 22 horas cronológicas.

Duración por semana: 5,5 horas por semana, articulada como: 1,5 hora de clase teórica y 4 horas de taller teórico-práctico.

Inscripciones hasta el 16 de septiembre.

Inicio martes 28 de septiembre

ACADÉMICO

 

El curso será dictado por Waldo Acevedo, Doctor en Ciencias de la Ingeniería, Pontificia Universidad Católica de Valparaíso, Profesor Asociado del Instituto de Química PUCV, quien ha impartido clases de Introducción a la Bioinformática y Bioinformática a la carrera de Bioquímica, además ha realizado una serie de publicaciones científicas aplicada a la Bioinformática.

CONTENIDOS

MÓDULO 1: BASES DE DATOS

  • Conoce el fundamento de una base de datos
  • Aprender a utilizar la información de un registro para acceder a él desde una casilla de búsqueda.
  • Conocer más acerca de la información almacenada tanto en base datos primarias como secundarias.
  • Diferenciar los datos primarios de los curados
  • Utilizar herramientas computacionales en talleres teóricos-prácticos para el análisis de problemas cualitativos y cuantitativos de sistemas biológicos.

MÓDULO 2: ANÁLISIS DE SECUENCIAS DE NUCLEÓTIDOS Y PROTEÍNAS

  • Conocer los diferentes métodos utilizados para el alineamiento simple de secuencias de aminoácidos y nucleótidos.
  • Comprender la diferencia entre un alineamiento global y local.
  • Uso de la herramienta BLAST para búsqueda de secuencias homólogas.
  • Analizar el alineamiento múltiple de secuencias

MÓDULO 3: MODELAMIENTO Y FUNCIÓN DE PROTEÍNAS

  • Visualizar sistemas biomoleculares usando el programa VMD
  • Predecir la estructura tridimensional de una proteína mediante modelamiento por homología usando uno o más templados

MÓDULO 4: SIMULACIÓN MOLECULAR DE MACROMOLÉCULAS

  • Predice del mejor sitio de interacción y energías libres ligando-receptor
  • Interpreta y analiza los resultados obtenidos del docking
  • Minimiza y equilibra estructura de proteína solvatada usando NAMD
  • Aprende analizar los resultados de la simulación

METODOLOGÍA

La metodología de enseñanza aprendizaje para el curso se ha diseñado con orientación hacia el aprendizaje basado en competencias, sostenida en casos (modelos) reales a nivel nacional. Se utilizarán técnicas metodológicas activas donde el estudiante será el centro del proceso de enseñanza aprendizaje y el profesor un facilitador. Las actividades y trabajos desarrollados por los participantes serán objeto de seguimiento académico y tutoría con el objetivo de retroalimentar y atender sus requerimientos en forma oportuna.

La metodología empleada será en base a clases expositivas con ejemplos prácticos y videos, además de una alta interacción alumno profesor y talleres prácticos.

Los talleres serán llevados a cabo sincrónicamente de forma remota, usando un computador personal, mediante el uso de softwares gratuitos y servidores web.

La evaluación será una prueba de selección múltiple y un trabajo final aplicando el conocimiento en función de casos reales.

INFORMACIÓN GENERAL

El curso tiene un valor de $220.000. Las clases serán desarrolladas de manera virtual los martes de 18:00 horas a las 19:30 horas, y los miércoles y viernes de 18:00 horas a las 20:00 horas. El curso cuenta con certificación por parte de la Pontificia Universidad Católica de Valparaíso tras ser aprobado.

Las clases comienzan el martes 28 de septiembre y terminan el viernes 22 de octubre 2021.

MODALIDADES DE PAGO

La matrícula se considera una vez efectuado el pago, luego de ser aceptado en el Programa, el cual puede ser al contado en efectivo, transferencia electrónica a la cuenta de la Pontificia Universidad Católica de Valparaíso.

El pago a través de transferencia electrónica se realiza con la siguiente información:

  • Banco Scotiabank
  • Cuenta a nombre de Pontificia Universidad Católica de Valparaíso
  • Cuenta corriente Nº 610995606
  • Rut: 81.669.200-8
  • Asunto: Pago curso de Bioinformática

Una vez realizado el pago enviar comprobante a Jethsaly Arcano, Secretaria de la Dirección de Asistencia Técnica y Capacitación del Instituto de Química, enviando un correo a datyc.quimica@pucv.cl

Para pagar al contado en efectivo, tarjeta de crédito y cheque, se debe coordinar previamente escribiendo a datyc.quimica@pucv.cl dado que requiere presencialidad, asistiendo a la Dirección de Asistencia Técnica y Capacitación del Instituto de Química, primer piso Facultad de Ciencias en Campus Curauma.

DESCUENTOS

Se ofrecen los siguientes descuentos, no acumulables entre sí al matricularse:

  • 10% de descuento por pago al contado.
  • 10% de descuento para grupos de tres o más alumnos pertenecientes a una misma empresa por persona.
  • 15% de descuento para ex alumnos PUCV.
  • 15% de descuento para Funcionarios PUCV.
  • 30% de descuento para ex alumnos del Instituto de Química PUCV (Bioquímica, Pedagogía en Química, Química Industrial, Licenciatura en Química/Química, Doctorado en ciencias mención Química).

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Consultas a jennifer.araya@pucv.cl